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这个问题在2.1中已经得到解决，现在我针对2.0写下这个解决方法，针对一些第三方登录API的兼容有很大帮助。
本身方法还有很多，这里只提出一种，大家看完后还是可以再做出更多修改。
文章出处 http://www.crazyphper.com/?p=1659 作者：konakona
现在公司项目的需求变化多端，项目使用的是Thinkphp2.0，而conf.php中设置的URL_MODEL=2，为了兼容.htaccess和隐藏index.php。
但在使用一些第三方接口时（例如支付宝或MSN开放平台），他们返回的参数往往含有一个?号，而URL_MODEL=2时，TP会自动将含有?的URL进行转换。
转换前：http://www.xxx.com/index.php/alipay/callback/?is_success/T/sign_type/MD5/notify_id/RqPnCoPT3K9%252Fvwbh3I
转换后：http://www.xxx.com/alipay/callback/is_success/T/sign_type/MD5/notify_id/RqPnCoPT3K9%252Fvwbh3I
转换后的网址将无法访问，而转换前的网址是可以访问的。
这时需要临时针对alipay这个控制器，URL_MODEL=1.
但在该控制器里C(‘URL_MODEL’,1)是没有用的，因为TP会在入口文件App::run()时直接404了。
想了很多方法，先是修改它的配置文件Conf.php，结果发现会生成缓存文件~app.php。
所以必须根据情况删除这个缓存文件，于是我对index.php入口文件进行了修改（事实上，放在任何App::run()之前都可以，你可以自行封装）。
<!--?php
// 定义ThinkPHP框架路径
define('THINK_PATH', '不告诉你我的TP文件夹名/');
//如果网址中存在这样的形式就删除缓存配置文件，并创建一个标识
if(strstr($_SERVER['REQUEST_URI'],'alipay/callback/')||strstr($_SERVER['REQUEST_URI'],'order.return_pay')){unlink('./home/Runtime/~app.php');//创建一个缓存文件做为标识$fn = fopen('./home/Runtime/re_url_model.php','wb');fclose($fn);
}elseif(file_exists('./home/Runtime/re_url_model.php')){unlink('./home/Runtime/re_url_model.php');unlink('./home/Runtime/~app.php');
}//定义项目名称和路径
define('APP_NAME', 'home');define('APP_PATH', 'home');// 加载框架入口文件require(THINK_PATH."ThinkPHP.php");//实例化一个网站应用实例
App::run();
?-->项目的配置文件Conf.php根据你自己的情况做一个判断即可。
//兼容支付宝快捷登录的?请求
if(strstr($_SERVER['REQUEST_URI'],'alipay/callback/')||strstr($_SERVER['REQUEST_URI'],'order.return_pay')){$my_array['URL_MODEL'] = 1;
}
return $my_array;这样，访问www.xxx.com或www.xxx.com/shipin/等任何非alipay控制器的页面时，网站依然是使用url_model = 2来隐藏index.php，使得URL友好。