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对于这两种存储引擎的选择，要根据项目的应用特点来权衡，而对于复杂的应用系统，也可以根据实际情况来选择多种存储引擎的组合。不过这种方法不建议采取。

MyISAM支持全文索引，这是一种基于分词创建的索引，支持一些比较复杂的查询，但不是事务安全的，而且不支持外键。每张MyISAM表存放在3个文件中：frm文件存放表格定义；数据文件是MYD；索引文件是MYI；对于MyISAM表，可以手工或者自动执行检查或修复操作。

InnoDB是事务型引擎，支持回滚，具有崩溃恢复能力，多版本并发控制，支持ACID事务、支持行级锁定(InnoDB的行级锁不是绝对的，如果一个SQL语句没有使用到索引，那么InnoDB会锁全表)。

InnoDB的工作原理：就是把数据捞带内存当中，被用户读写，这样大大增加了性能。当数据全部加载到内存当中时，这时的性能是最好的，它的设计理论是充分利用内存，减少磁盘I/O使用率。

MyISAM和InnoDB的区别有以下几点：

1．MyISAM是非事务安全型的，而InnoDB是事务安全型的，也就是ACID事务支持。

2．MyISAM锁是表级锁，锁开销小，而InnoDB支持行级锁定，锁管理开销大，支持更好的并发写操作。

3．在最新的版本中，两者都已经支持全文索引。

4．MyISAM相对简单，管理方便，因此在效率上优先于InnoDB，小型应用可以考虑使用。

5．MyISAM表是保存成文件的形式，在跨平台的数据转移中使用其存储会省去不少的麻烦。

6．InnoDB表比MyISAM表更安全，可以保证在数据不丢失的情况下切换非事务表到事务表。

总结：

MyISAM存储引擎的读锁和写锁是互斥的，读写操作时串行的。当一个进程请求某个MyISAM表的读锁，同时另一个进程也请求通一表的写锁，MySQL是写进程先获得锁，不仅如此，即使读请求先到锁等待队列，写请求后到，写锁也会插到读锁请求之前，这是因为MySQL会认为写请求一般要比读请求重要，这也是MyISAM表不太适合有大量更新操作和查询操作应用的原因，因为大量的更新操作会造成查询操作很难忽地读锁，从而可能永远阻塞。

InnoDB用于事务处理应用程序，具有众多特性，包括支持ACID事务、行锁等。如果应用中需要执行大量的读写操作，则应使用InnoDB，这样可以提高多用户并发操作的性能，所以要尽量优先使用InnoDB引擎。