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命令行提交作业
1. 集群界面,选择“远程连接”按钮,远程登录集群实例,在实例界面右上角选择打开新文件树,用户目录(如:testuser1)下直接创建作业脚本文件lammps.pbs和算例数据文件lj.in(文件内容同上),两个文件均保存在用户目录下,如:/home/testuser1。
创建lammps.pbs作业文件步骤:
打开新文件树-->双击进入home/testuser1目录下-->home文件夹右键新建文件lammps.pbs文件-->创建完之后,双击打开该文件直接编辑脚本内容,然后右上角点击保存即可。
创建lj.in算例数据文件步骤:
打开新文件树-->双击进入home/testuser1目录下-->home文件夹右键新建文件lj.in文件-->创建完之后,双击打开该文件直接编辑内容,然后右上角点击保存即可。
2. 文件保存在目录之后,在当前界面使用如下命令提交并查看作业运行情况:
说明:不能使用root用户登录提交作业。
[testuser1@login0 ~]$ cd ~
[testuser1@login0 ~]$ qsub -N LammpsTestf1 lammps.pbs
0.scheduler
[testuser1@login0 ~]$ qstat -fx 0.scheduler #作业 ID
Job Id: 0.scheduler
Job_Name = LammpsTestf1
Job_Owner = testuser1@scheduler
resources_used.cpupercent = 89
resources_used.cput = 00:05:04
resources_used.mem = 33784kb
resources_used.ncpus = 1
resources_used.vmem = 634672kb
resources_used.walltime = 00:05:15
job_state = F
queue = workq
server = scheduler
Checkpoint = u
ctime = Tue Apr 7 16:23:46 2020
Error_Path = scheduler:/home/testuser1/LammpsTestf1.e0
exec_host = compute000/0
exec_vnode = (compute000:ncpus=1)
Hold_Types = n
Join_Path = oe
Keep_Files = n
Mail_Points = a
mtime = Tue Apr 7 16:29:01 2020
Output_Path = scheduler:/home/testuser1/LammpsTestf1.o0
Priority = 0
qtime = Tue Apr 7 16:23:46 2020
Rerunable = True
Resource_List.mpiprocs = 1
Resource_List.ncpus = 1
Resource_List.nodect = 1
Resource_List.place = free
Resource_List.select = 1:ncpus=1:mpiprocs=1
stime = Tue Apr 7 16:23:46 2020
session_id = 31684
jobdir = /home/testuser1
substate = 92
Variable_List = PBS_O_HOME=/home/testuser1,PBS_O_LANG=en_US.UTF-8,
PBS_O_LOGNAME=testuser1,
PBS_O_PATH=/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/usr
/local/pbs/bin:/home/testuser1/.local/bin:/home/testuser1/bin,
PBS_O_MAIL=/var/spool/mail/testuser1,PBS_O_SHELL=/bin/bash,
PBS_O_WORKDIR=/home/testuser1,PBS_O_SYSTEM=Linux,PBS_O_QUEUE=workq,
PBS_O_HOST=scheduler
comment = Job run at Tue Apr 07 at 16:23 on (compute000:ncpus=1) and finish
ed
etime = Tue Apr 7 16:23:46 2020
run_count = 1
Stageout_status = 1
Exit_status = 0
Submit_arguments = -N LammpsTestf1 -p 0 ./lammps.pbs
history_timestamp = 1586248141
project = _pbs_project_default
3. 作业运行完成之后,若脚本文件中不指定输出路径,可在当前用户目录下查看结果文件。其默认输出路径为:/home/testuser1/LammpsTestf1.o0
。作业执行日志路径:/home/testuser1/log.lammps 。
[testuser1@login0 ~]$ ls
lammps.pbs LammpsTestf1.o0 lj.in log.lammps sample.xyz
[testuser1@login0 ~]$ cat LammpsTestf1.o0
run at the beginning
LAMMPS (31 Mar 2017)
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