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搁置了一些时日，原本写好的提纲很多都忘了要写些什么内容了。一些标题先留空，以后有时间再补充吧。
1 闲话
《R Language Definition》中只有S3 OOP的介绍，找不到S4 OOP的相关说明，因为S4 OOP还不够完善，没有定型。但很多人已经大量使用它了，尤其是BioC们，前些年用S3写的一些包都在逐渐更新为S4系统，他们可能是尝到了某些甜头。不过苦头肯定也不少，R core们宣布自R 3.0版后弃用类定义setClass函数的representation参数，改用slots和contains参数。BioC们又有得折腾了。
话虽如此，好的系统还是很有生命力的，能吸引用户。同样是序列处理的软件包，seqinr出现的时间也不短了，没用S4，和BioC格格不入，功能虽然很齐全但响应者似乎寥寥。我看seqinr说明书的第一感觉就一个字：“乱”，心情也是一个字：“烦”。不过应该肯定的是seqinr还是非常不错的，小巧、函数间的依赖关系简单、容易移植，适合小量序列的分析。闲话少说，入题。
2 S4类
2.1 S4类定义
S4 OOP系统有比较完善的CLASS定义方法，用于类定义的函数是setClass。
## NOT RUN （非运行代码） setClass(Class, representation, prototype, contains = character(), validity,access, where, version, sealed, package, S3methods = FALSE, slots)
2.1.1 最基本的设置：Class和slots
先看例子再解释：
Somebody <- setClass(Class = "Somebody", slots = c(name = "character", gender = "factor")) someone <- Somebody(name = "Adam", gender = factor("M")) someone
## An object of class "Somebody" ## Slot "name": ## [1] "Adam" ## ## Slot "gender": ## [1] M ## Levels: M
上面第一行代码定义了一个类的最基本两个内容：类名称和类对象存储的数据。参数说明如下：
- Class 用于表示类名称的字符串
- slots 很多人称它为“接口”，用于存储对象的具体数据。既然是数据就得有名称和数据类型，slots的作用就是指定这两者。它的内容是有名的列表或有名向量，列表或向量的名称（如上面的name和gender）表示类数据的名称，而它们的值（字符串）表示数据的类型（如上面的character和factor）。
setClass函数结果可以不赋值，但赋值运算会在创建类的同时获得一个类构造函数。构造函数的名称一般和类名称相同，但这不是硬性规定：
diets <- setClass(Class = "Diet", slots = c(food = "character", drink = "character")) diets(food = "rice", drink = "water")
## An object of class "Diet" ## Slot "food": ## [1] "rice" ## ## Slot "drink": ## [1] "water"
如果setClass函数结果不赋值，构造函数不会产生，如果要产生此类对象就得使用系统的new函数了。
setClass(Class = "Anybody", slots = c(name = "character", gender = "factor"))
## 错，类定义并没有赋值，没有产生Anybody构造函数 Anybody(name = "Adam", gender = factor("M"))
## Error: 没有"Anybody"这个函数
new(Class = "Anybody", name = "Adam", gender = factor("M"))
## An object of class "Anybody" ## Slot "name": ## [1] "Adam" ## ## Slot "gender": ## [1] M ## Levels: M
## setClass赋值的作用事实上就是产生了一个调用new函数的函数： Somebody
## class generator function for class "Somebody" from package '.GlobalEnv'
## function (...)
## new("Somebody", ...)
从R语言的根本上来看（不涉及任何OOP概念），slots和CLASS一样，都是数据的属性而已，只是换了个名称：
str(attributes(someone))
## List of 3 ## $ name : chr "Adam" ## $ gender: Factor w/ 1 level "M": 1 ## $ class : atomic [1:1] Somebody ## ..- attr(*, "package")= chr ".GlobalEnv"
2.1.2 类继承：contains
- contains 用于设置新类中包含（即继承）的其他已定义类（父类），其作用是把父类中的slots包含进来：
showClass("Somebody")
## Class "Somebody" [in ".GlobalEnv"] ## ## Slots: ## ## Name: name gender ## Class: character factor
Anybody <- setClass("Anybody", contains = "Somebody", slots = c(skin = "character")) showClass("Anybody")
## Class "Anybody" [in ".GlobalEnv"] ## ## Slots: ## ## Name: skin name gender ## Class: character character factor ## ## Extends: "Somebody"
contains可以包含多个类，继承多个父类的slots：
Anybody <- setClass("Anybody", contains = c("Somebody", "Diet"), slots = c(skin = "character")) showClass("Anybody")
## Class "Anybody" [in ".GlobalEnv"] ## ## Slots: ## ## Name: skin name gender food drink ## Class: character character factor character character ## ## Extends: "Somebody", "Diet"
2.1.3 原型设置：prototype
- prototype 原型，即类对象初始化（新建对象）时slots中的默认数据，相当于函数的默认参数。这是一个有名列表，不能用有名向量。
Somebody <- setClass(Class = "Somebody", slots = c(name = "character", gender = "factor"),prototype = list(name = "Adam", gender = factor("M"))) str(Somebody())
## Formal class 'Somebody' [package ".GlobalEnv"] with 2 slots ## ..@ name : chr "Adam" ## ..@ gender: Factor w/ 1 level "M": 1
diets <- setClass(Class = "Diet", slots = c(food = "character", drink = "character"),prototype = list(food = "rice", drink = "water")) str(diets())
## Formal class 'Diet' [package ".GlobalEnv"] with 2 slots ## ..@ food : chr "rice" ## ..@ drink: chr "water"
创建新类时如果使用contains，新类的构造函数将自动父类的原型设置
Anybody <- setClass("Anybody", contains = c("Somebody", "Diet"), slots = c(skin = "character"),prototype = list(skin = character())) str(Anybody())
## Formal class 'Anybody' [package ".GlobalEnv"] with 5 slots ## ..@ skin : chr(0) ## ..@ name : chr "Adam" ## ..@ gender: Factor w/ 1 level "M": 1 ## ..@ food : chr "rice" ## ..@ drink : chr "water"
2.1.4 类型检查：validity
定义S4新类时本身就已经具备类型检查的能力，如果给对象提供的数据类型不正确就直接出错而不是警告：
## 下面的skin不是字符型，不能通过类型检查 Anybody(skin = 1)
## Error: invalid class "Anybody" object: invalid object for slot "skin" in ## class "Anybody": got class "numeric", should be or extend class ## "character"
然而，这种检查能力还是相当有限的，编程过程中往往需要对数据进行更严格的审查，比如对数据进行进行数量和取值的限定。这可以通过validity参数设置类型检查函数来实现。
Anybody <- setClass("Anybody", contains = c("Somebody", "Diet"), slots = c(skin = "character"),prototype = list(skin = character()), validity = function(object) {if (length(object@skin) != 1)return("\"skin\" must be length of 1.")if (!object@skin %in% c("W", "Y", "B"))return("Invalid \"skin\" type.")return(TRUE)})
## 正确设置可以通过类型检查 (xx <- Anybody(skin = "Y"))
## An object of class "Anybody" ## Slot "skin": ## [1] "Y" ## ## Slot "name": ## [1] "Adam" ## ## Slot "gender": ## [1] M ## Levels: M ## ## Slot "food": ## [1] "rice" ## ## Slot "drink": ## [1] "water"
## validity设置了skin只能是‘W’，‘Y’，‘B’中的一个，设置其他值或长度不为1都出错 Anybody(skin = c("Y", "W"))
## Error: invalid class "Anybody" object: "skin" must be length of 1.
Anybody(skin = "Black")
## Error: invalid class "Anybody" object: Invalid "skin" type.
2.1.5 setClass函数的其他参数
除以上参数外，类定义函数setClass还可以设置的参数有：
- where 用于指定类定义存储的环境（命名空间），如果在软件包里面定义类，类默认存储到软件包的命名空间
- package 此参数极少使用，作用和where类似
- sealed 是否封装（TRUE/FALSE）。如果设为TRUE，已经用setClass定义过的类（名称）就不能用setClass再定义，防止误操作
下面的参数在R 3.0.0版以后都被弃用了，虽仍可用但应尽量避免：
- S3methods
- representation
- access
- version
2.2 通过读取数据产生S4类对象
这是考虑用户层次和使用体验的内容，对R软件开发者来说也相当简单：编写几个函数，通过读取不同类型的文件返回S4类对象。一般软件包都会替用户考虑这点很起码的要求。比如Affy包，用ReadAffy函数就获得了AffyBatch类对象，不用关心AffyBatch类是个什么东西。很多人可能根本就不想知道S3或S4是什么玩意，伤脑筋。
3 虚拟类
4 类联合
5 S4泛型函数和方法
5.1 定义的一般过程
S4的泛型函数通过调用setGeneric函数产生，该函数的用法如下：
## NOT RUN setGeneric(name, def = , group = list(), valueClass = character(), where = ,package = , signature = , useAsDefault = , genericFunction = , simpleInheritanceOnly = )
参数虽然很多，但常用两个：
- name: 表示泛型函数名称的字符串。这个函数必需已经定义，它将被转成泛型函数（如果它还不是泛型函数），而且该函数将被设为默认方法
- def: 这是可选项。如果name参数没有对应的已有函数，这一项必需提供。如果name已经有对应的函数，使用def项可以指定其他的函数作为泛型函数（偷梁换柱）。
泛型函数的方法使用setMethod函数进行定义：
## NOT RUN setMethod(f, signature = character(), definition, where = topenv(parent.frame()),valueClass = NULL, sealed = FALSE)
- f：泛型函数名称
- signature：识别指纹，即对象的类名称
在R终端输入变量名后回车会得到变量的内容，其实质是调用show函数显示变量。下面通过设置泛型函数及其方法重定义show函数输出Anybody类对象的内容：
## 重定义前show函数输出的内容 xx
## An object of class "Anybody" ## Slot "skin": ## [1] "Y" ## ## Slot "name": ## [1] "Adam" ## ## Slot "gender": ## [1] M ## Levels: M ## ## Slot "food": ## [1] "rice" ## ## Slot "drink": ## [1] "water"
setGeneric(name = "show")
## [1] "show"
setMethod("show", signature = "Anybody", function(object) show(object@drink))
## [1] "show"
## 重定义后show函数输出的内容 xx
## [1] "water"
5.2 设置获取类对象内容的辅助函数
5.3 设置S4类对象赋值（内容替换）方法
5.4 类转换
用于S4类转换的函数是as。如果定义新类时使用了contains获得了继承关系，那么就可以用as函数将一个对象强制转换为其父类对象，对象的内容是父类定应的相应部分内容：
class(xx)
## [1] "Anybody" ## attr(,"package") ## [1] ".GlobalEnv"
as(xx, "Diet")
## An object of class "Diet" ## Slot "food": ## [1] "rice" ## ## Slot "drink": ## [1] "water"
as(xx, "Somebody")
## An object of class "Somebody" ## Slot "name": ## [1] "Adam" ## ## Slot "gender": ## [1] M ## Levels: M
Author: ZGUANG@LZU
Created: 2014-03-04 二 13:42
Emacs 24.3.1 (Org mode 8.2.1)
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